活体生物荧光成像主要有三种标记方法：荧光蛋白标记、荧光染料标记和量子点标记。荧光蛋白适用于标记肿瘤细胞、病毒、基因等。通常使用的是GFP、EGFP、RFP（DsRed）等。荧光染料标记和体外标记方法相同，常用的有Cy3、Cy5、Cy5.5及Cy7，可以标记抗体、多肽、小分子药物等。量子点标记作为一种新的标记方法，是有机荧光染料的发射光强的20倍，稳定性强100倍以上，具有荧光发光光谱较窄、量子产率高、不易漂白、激发光谱宽、颜色可调，并且光化学稳定性高，不易分解等诸多优点。量子点是一种能发射荧光的半导体纳米微晶体，尺寸在100nm以下，它可以经受反复多次激发，而不像有机荧光染料那样容易发生荧光淬灭。

但是不同荧光波长的组织穿透力不同，如图1所示，各种波长的光对小鼠各种器官的透过率，都在波长>600nm时显著增加。而如图2所示，在650nm-900nm的近红外区间，血红蛋白、脂肪和水对这些波长的光的吸收都保持在一个比较低的水平。因而，选择激发和发射光谱位于650nm-900nm的近红外荧光标记（或至少发射光谱位于该区间），更有利于活体光学成像，特别是深层组织的荧光成像。（推荐文献： Nature Method， 2005， 2: 12 如何选择合适的荧光蛋白； Science， 2009， 324: 804 钱永建教授研究成果-近红外荧光蛋白，非常适合活体生物荧光成像）。

选择适当的CCD镜头，对于体内可见光成像是非常重要的。如何选择活体荧光性价比**的CCD呢？CCD有一些重要的参数：

1) CCD像素。CCD像素决定成像的图片质量，像素越高，成像质量越好。由于荧光背景光较强，产生非特异性杂光干扰明显，需要配有高分辨率CCD的相机。

2) 前照式还是背照式CCD。一般而言，背照式CCD具有更高的量子效率，但是只有在检测极弱光信号优势明显（如活体生物发光成像），但在强光检测中与前照式CCD无本质差别，还更容易光饱和，并且其成本较高的弱势使其不属于荧光检测常规要素。

3) CCD温度。制冷CCD分为两种：恒定低温制冷CCD和相对低温制冷CCD。恒定低温制冷CCD拥有稳定的背景，可以进行背景扣除；而相对低温制冷CCD由于背景不稳定，一般不能进行有效的背景扣除。CCD制冷温度越低，产生的暗电流越小，如图3所示，当制冷温度达到-29℃时，产生的暗电流已经低至0.03e/pixel/s。由于仪器自身产生的噪音主要由暗电流热噪音和CCD读取噪音组成，而目前CCD读取噪音*低只能降至2e rms；因而更低温度的CCD并不能明显的降低背景噪音，而成本却极大提高。

4) CCD读取噪音和暗电流。CCD读取噪音和暗电流热噪音是成像系统产生背景噪音的主要因素，但是在荧光成像中，*主要的背景噪音却是来自于荧光背景光。荧光成像信噪比的改善主要依赖于荧光背景光的有效控制和背景扣除技术（图4）。 ‘